Il Seminario Arcivescovile di Palermo fu fondato da mons. Cesare Marullo, messinese già vescovo di Agrigento, che nel 1577, dopo aver fondato il seminario di Agrigento, venne trasferito alla sede arcivescovile di Palermo. Il Concilio di Trento alla sessione XXIII con il decreto Cum adolescentiam aetas del 15 Luglio 1563 imponeva la costituzione in ogni diocesi di un collegio per gli adolescenti che aspiravano al sacerdozio, in modo da poter ricevere la preparazione idonea per vivere ed esercitare il ministero, evitando la fragile preparazione teologica e spirituale del clero di quel tempo. Così l’arcivescovo Marullo il 5 Giugno del 1580 istituì una deputazione per la costruzione del Seminario e venne scelta come prima sede la chiesa con i locali annessi di San Giovanni Evangelista e Santo Stefano De Plano, che si trovavano dove oggi sorge il liceo classico Vittorio Emanuele II. Ben presto l’arcivescovo e la deputazione si resero conto che la sede scelta non corrispondeva ai progetti di costruzione, e il 16 Maggio del 1582 fu scelta la chiesa di Santa Barbara la Sottana, detta anche di San Teodoro, con annesse fabbriche e giardino, la quale si trovava dietro il costruendo palazzo arcivescovile. Il Seminario, poiché ebbe per cappella la chiesetta di Santa Barbara, celebrò con particolare solennità, finché fu in corso Vittorio Emanuele, il 4 Dicembre dies natalis della Santa, ed inoltre adottò come stemma la Torre, attributo iconografico della Santa. Il 7 Marzo del 1583 l’arcivescovo Marullo poté finalmente porre la prima pietra. La scelta del 7 Marzo non fu casuale, infatti, il vecchio calendario liturgico faceva memoria di San Tommaso D’Aquino proprio il 7 Marzo suo dies natalis, così il Seminario aveva per suo celeste patrono il Doctor Angelicus. Il Seminario di Palermo, da allora in poi, ricorda il 7 Marzo 1583 come il giorno della sua fondazione. Il Seminarium Clericorum, Seminario dei Chierici, questo il suo antico nome, fu inaugurato solennemente il 28 Ottobre del 1591 con l’ingresso di 28 seminaristi, 16 palermitani e 12 provenienti dalle parrocchie foranee, suo primo rettore fu il canonico Don Martino Mira, poi vescovo di Cefalù. Gli studi non furono interni, si decise di affidarli ai gesuiti e dunque i seminaristi si recavano al Collegio Massimo di Palermo dove frequentavano i corsi. Il nostro Seminario non fu l’unico centro formativo per il clero palermitano tra il seicento e la prima metà dell’ottocento; di fatto a Palermo esistevano altri cinque centri di formazione le cosiddette congregazioni di disciplina del clero che si occupavano di formare soprattutto i chierici di città, lasciando al Seminario i chierici delle foranie.

Nel 1741 fu nominato rettore mons. Giovanni Di Giovanni, uomo di grande cultura, amico di Ludovico Antonio Muratori, e membro dell’Accademia Del Buon Gusto, il quale tentò con l’appoggio dell’arcivescovo Domenico Rosso di sottrarre i chierici alla formazione dei gesuiti, perché fossero istruiti da sacerdoti diocesani. Il Papa Benedetto XIV concesse, con Breve «In supereminenti» datato 30 Aprile 1745, che presso il Seminario fosse istituito il collegio teologico e che potesse concedere il dottorato in Sacra Teologia. Purtroppo il Breve papale non ricevette il regio exequatur per l’opposizione del Collegio Massimo. Fu solo verso la fine del ‘700 che finalmente si poté avere in Seminario un collegio teologico che, pur non potendo rilasciare il dottorato, consentiva al Seminario di formare culturalmente i propri alunni. Con l’unità di Italia l’arcivescovo Naselli dovette affrontare il problema della leva obbligatoria che colpiva anche i seminaristi, per poter gestire meglio l’esenzione dal servizio militare stabilì il 25 Febbraio 1864 l’abolizione del chiericato esterno, tutti i chierici della diocesi di Palermo dovevano frequentare il Seminario e i corsi al suo interno. Nel frattempo in Italia furono abolite le facoltà teologiche, così Pio IX concesse in data 17 Agosto 1877 il Breve «Si unquam alias» con il quale costituiva all’interno del Seminario il collegio teologico con la facoltà di concedere il dottorato in Sacra Teologia.

Nel 1946 il Cardinale Ruffini, poiché l’edificio del Seminario non corrispondeva più alle necessità pedagogiche e formative dei tempi, decise di spostare la sede del Seminario. Il Seminario minore, intitolato all’Immacolata, fu trasferito in via del Vespro ed inaugurato il 15 Novembre del 1948. Il Seminario maggiore fu intitolato a San Mamiliano vescovo e martire palermitano, e venne trasferito in via Incoronazione in quella che fu la Badia Nuova. Della vecchia struttura della Badia furono conservati solo il prospetto, la Chiesa di Santa Maria dell’Oliveto, e lo scalone settecentesco, il resto delle fabbriche ormai in disfacimento furono demolite per essere ricostruite secondo l’attuale ordine. Il Cardinale poté benedire i nuovi locali il 4 Novembre del 1949. Il Cardinale Pappalardo, desideroso di riformare tutte le strutture della diocesi secondo lo spirito e l’insegnamento del Concilio Ecumenico Vaticano II, scorporò l’istituto teologico dal Seminario, fondando l’Istituto Teologico San Giovanni Evangelista, poi trasformato in Pontificia Facoltà Teologica di Sicilia, con sede presso l’antico plesso del Seminario, inoltre nel 1996 acquistò la proprietà dell’intero edificio della Badia nuova. Il Cardinale Paolo Romeo, costatando che i locali del Seminario non erano più confacenti alle attuali necessità e che le vecchie camerate erano fatiscenti, nel 2007 trasferì il Seminario a Baida, presso la casa diocesana, iniziando i lavori di restauro. Ultimati i lavori, il 6 maggio del 2013 i seminaristi fecero ritorno nella loro casa ormai restaurata e riadattata ai tempi moderni.

Molti sono stati gli ex alunni insigni che si sono distinti per zelo e pietà, ma fra questi, soprattutto, va ricordato don Pino Puglisi, prima alunno e poi formatore; il quale ha saputo vivere il Vangelo e il dono del sacerdozio ministeriale fino all’effusione del sangue.